烟台交运金都运输有限公司组织结构模式是以直线职能制为主的经营管理组织结构。职能部门4个:分别为综合办公室、财务处、安全保卫处、机务管理处。经营部门6个:分别为中心站务处、客运经营车队、校车公司、供电公司、加油站、修理厂。