烟台交运集团牟平运输有限公司组织结构模式是以直线职能制为主的经营管理组织结构。根据职能和工作需要,设置了办公室、财务处、安保机务处三个职能部门和集约化车队、站务处、旅行社、修理厂、友缘宾馆五个生产经营部门。公司按经营辖属划分,拥有辖属企业9个。