烟台交运集团汇通实业总公司组织结构模式是以直线职能制为主的经营管理组织结构。公司设综合办公室、财务处、消安处、营销处、后勤保障中心、AB座经营中心、CD座经营中心、胶东海产品批发市场、金通商务经营中心、汇通商务经营中心、油品采购处、第一加油站、第二加油站、只楚路新桥加油站、机场路黄务加油站、二马路金沟寨加油站,计15个部门。